Os ganhadores da Mega da Virada têm a opção de retirar seus prêmios em qualquer casa lotérica credenciada ou nas agências da Caixa Econômica Federal. Para prêmios brutos superiores a R$ 2.428,80, é obrigatório realizar o pagamento nas agências, apresentando um documento de identidade original com CPF e o recibo da aposta premiada. Prêmios iguais ou superiores a R$ 10.000,00 são pagos em um período mínimo de dois dias úteis após a apresentação na agência.
Os prêmios têm um prazo de prescrição de 90 dias após a data do sorteio, e após esse período, os valores não reclamados são repassados ao tesouro nacional para utilização no Fundo de Financiamento ao Estudante do Ensino Superior (FIES). Para apostas feitas pelo Portal Loterias Caixa ou pelo aplicativo Loterias Caixa, prêmios até R$ 1.700,16 podem ser retirados em qualquer agência da Caixa ou unidade lotérica, com a opção de transferência para o Mercado Pago.
Os ganhadores também podem utilizar QR Codes gerados pelo portal, que têm validade de 60 minutos e podem ser lidos por qualquer lotérica, eliminando a necessidade de impressão do comprovante. Apostas realizadas pelo Internet Banking Caixa (IBC) exigem que o pagamento seja feito nas agências, com apresentação de documento com foto e o bilhete premiado. Em caso de procuração, é necessário apresentar documentos específicos do procurador.