Uma investigação realizada pela Controladoria-Geral da União (CGU) sobre o programa Mais Médicos identificou sérias fragilidades nos mecanismos de transparência e controle da carga horária dos médicos que atuam no Brasil. Entre 2013 e 2023, a CGU avaliou a implementação do programa e seu impacto nas desigualdades regionais, concluindo que o Ministério da Saúde não exerce adequadamente suas funções de coordenação e monitoramento.
A auditoria incluiu análises normativas e inspeções em 31 municípios, além de entrevistas com gestores, médicos e usuários das Unidades Básicas de Saúde (UBS). Embora o programa tenha ampliado a oferta de médicos em áreas vulneráveis, a CGU destacou a persistência de lacunas normativas e problemas de supervisão, que limitam a efetividade do projeto na diminuição das desigualdades assistenciais.
As recomendações da CGU visam fortalecer a governança em níveis nacional e estadual, aprimorar a comunicação entre as esferas de governo e qualificar a supervisão do programa. A publicação de indicadores e relatórios anuais, bem como a priorização de municípios com alta vulnerabilidade, são medidas sugeridas para melhorar a eficácia do Mais Médicos em seu objetivo de reduzir desigualdades na saúde.