Durante uma sabatina na Comissão de Constituição e Justiça do Senado, no dia 12 de novembro de 2025, o senador Flávio Bolsonaro expressou críticas contundentes à recondução de Paulo Gonet à Procuradoria-Geral da República. Ele afirmou que os integrantes do Ministério Público Federal deveriam sentir vergonha do procurador-geral, acusando-o de não defender as prerrogativas da instituição e permitir que ela fosse desvalorizada.
Bolsonaro ressaltou que Gonet teria sido negligente em sua função, mencionando que o procurador não instruiu adequadamente os processos, deixando decisões importantes nas mãos do ministro do Supremo Tribunal Federal, Alexandre de Moraes. Em contrapartida, Gonet destacou o apoio da Associação Nacional dos Procuradores da República (ANPR) e afirmou que sua gestão é respaldada pela maior parte da classe, desafiando as críticas do senador.
Essa troca de acusações sugere um clima de tensão entre o Legislativo e o Ministério Público, colocando em evidência a relação entre os poderes no Brasil. O descontentamento expresso por Bolsonaro pode ter repercussões sobre a confiança e a atuação do MPF, além de abrir espaço para discussões mais amplas sobre a independência e eficiência das instituições jurídicas do país.