Desde 2024, uma portaria do Ministério da Saúde estabelece que médicos da Estratégia Saúde da Família devem cumprir uma jornada mínima de 40 horas semanais para que as prefeituras recebam o repasse integral de até R$ 18 mil mensais por equipe. Em São Paulo, essa medida gerou um impasse, com médicos contratados para 20 horas semanais sendo pressionados a dobrar sua carga horária ou enfrentar demissões. Entidades médicas criticam a substituição de profissionais experientes, alertando para possíveis prejuízos no vínculo com os pacientes.
A Secretaria Municipal da Saúde de São Paulo nega que haja demissões, mas afirma que os médicos podem continuar em suas funções se aceitarem a nova carga horária. A pasta também destaca que mantém diálogo com as Organizações Sociais (OSSs) e realiza reuniões com o Ministério da Saúde para discutir a situação. Por outro lado, o Ministério da Saúde afirma que, devido à escassez de profissionais, o programa permite configurações diversas das equipes, sem que haja redução no financiamento federal que justifique as demissões.
Atualmente, a rede municipal de saúde de São Paulo conta com 1.715 equipes da Estratégia Saúde da Família, das quais 1.597 médicos atuam com jornada de 40 horas semanais. As equipes restantes são compostas por dois médicos que trabalham 20 horas cada, o que pode impactar a rotina das unidades. Médicos que se recusam a aumentar a carga horária relatam que foram informados sobre seus desligamentos de forma unilateral, sem espaço para negociação, o que gera um clima de insegurança entre os profissionais da saúde.