A Unimed Cuiabá enfrenta uma grave crise interna, com uma disputa acirrada entre a nova e a antiga direção da cooperativa, que atende 206 mil pessoas em Mato Grosso. O conflito, que se intensificou desde a troca de comando em março de 2023, envolve denúncias de fraudes fiscais e irregularidades administrativas, além de prisões de ex-diretores. A nova gestão, liderada por Carlos Bouret, apresentou uma notícia-crime à Polícia Federal em julho, alegando que a administração anterior, sob Rubens Junior, cometeu fraudes que totalizam R$ 400 milhões.
Em agosto de 2024, o Ministério Público Federal (MPF) formalizou uma ação contra a antiga direção, acusando-a de falsidade ideológica, estelionato, lavagem de dinheiro e organização criminosa. O juiz Jeferson Schneider aceitou a denúncia no início de outubro de 2024, resultando na operação Bilanz, que culminou na prisão temporária de seis ex-dirigentes da Unimed Cuiabá. Todos os detidos foram liberados no mesmo dia da operação.
Rubens Junior, um dos acusados, refutou as alegações, afirmando que as evidências de fraude foram “fabricadas” pela nova administração. Além disso, Mauricio Coelho, ex-marqueteiro de Junior, também fez acusações, sugerindo que a atual direção teria conspirado com dois ex-delegados da Polícia Federal, que agora são sócios de uma consultoria que recebeu R$ 3 milhões da Unimed entre 2023 e 2025. O caso continua em investigação, com desdobramentos que podem impactar o futuro da cooperativa.