O Grêmio conquistou sua classificação para a terceira fase da Copa do Brasil, mas enfrentou momentos difíceis. Em uma partida acirrada contra o Athletic-MG, o time gaúcho empatou 3 a 3 no tempo regulamentar e venceu por 8 a 7 nos pênaltis, após estar com um jogador a menos no segundo tempo. No confronto anterior, o Grêmio também se classificou nas penalidades, diante do São Raimundo-RR. Embora o time busque uma recuperação após a derrota na final do Campeonato Gaúcho, a vitória na Copa do Brasil não foi tranquila.
Além do Grêmio, o Náutico surpreendeu o Vitória ao vencer por 2 a 0 no Barradão, em Salvador, interrompendo uma série invicta de 22 jogos do adversário. O time pernambucano voltou a brilhar após sete anos, avançando para a próxima fase. O Operário-PR, por sua vez, garantiu sua vaga ao vencer o Tombense-MG por 1 a 0, em casa. Esses clubes agora se juntam aos já classificados Aparecidense-GO, Fluminense, Atlético-MG, Vasco, Maringá-PR, Brusque-SC, Novorizontino-SP, Criciúma-SC, Botafogo-PB e Red Bull Bragantino.
A terceira fase da Copa do Brasil será decidida em dois jogos, com duelos sorteados. Além disso, todos os clubes classificados garantem um prêmio de R$ 2,31 milhões, podendo receber mais R$ 3,638 milhões se avançarem às oitavas de final. A competição contará também com a entrada de clubes como Botafogo, Palmeiras, Fortaleza e Internacional, que participarão da fase após sua presença em competições internacionais e nacionais de destaque.