Desde 2014, a Agência Nacional de Aviação Civil (Anac) aplicou R$ 4,4 milhões em multas à Voepass devido a diversas irregularidades identificadas nas operações da companhia aérea. No entanto, a empresa pagou apenas 2,79% desse valor, o que corresponde a R$ 123 mil. Ao longo dos anos, foram registradas 255 multas, sendo a última aplicada pouco antes da suspensão das operações da empresa em março de 2025, por problemas relacionados à segurança. Entre as falhas detectadas estão a falta de manuais operacionais e a utilização de aeronaves sem manutenção adequada, colocando em risco a segurança das operações.
Após o acidente fatal de um avião da Voepass em 2024, que resultou em 62 mortes, a fiscalização da Anac foi intensificada, com a aplicação de multas adicionais. A companhia não conseguiu resolver as irregularidades apontadas e não atendeu às exigências de melhorias, como a redução da malha aérea e o aumento do tempo de manutenção das aeronaves. Durante os sete meses que se seguiram ao acidente, a Anac aplicou nove multas, totalizando R$ 139 mil, todas não pagas pela empresa. Comparativamente, as grandes companhias aéreas brasileiras apresentam uma taxa de quitação das multas de 82,31%.
A Anac identificou diversos problemas operacionais, incluindo a falta de um sistema de comunicação eficiente entre aviões e solo, a ausência de controles para impedir o embarque de materiais proibidos, e falhas no registro de manutenções e verificações. Essas falhas, que colocam em risco a segurança dos voos, foram alvo de diversas sanções ao longo dos anos, com a maior multa aplicada, de R$ 230,7 mil, relacionada ao descumprimento de normas técnicas de segurança. A suspensão das operações da Voepass, embora recente, reflete a gravidade das infrações persistentes e não corrigidas pela companhia.