A Agência Nacional de Aviação Civil (Anac) impôs multas no total de R$ 4,4 milhões à Voepass desde 2014, mas a companhia aérea pagou apenas 2,79% desse valor, ou seja, R$ 123 mil. As penalidades surgiram após a análise de irregularidades em suas operações, com 255 multas aplicadas até o momento, sem possibilidade de recurso. A última delas, no valor de R$ 4 mil, ocorreu quatro dias antes da suspensão das atividades da empresa por questões de segurança, após a detecção de falhas graves em suas operações.
Entre os problemas que levaram às sanções estão a ausência de sistemas e controles essenciais para garantir a segurança operacional, como manuais para a equipe, comunicações bilaterais confiáveis, e o cumprimento de normas técnicas exigidas pela aviação civil. A Anac também apontou falhas em procedimentos de manutenção de aeronaves, além de irregularidades que já haviam sido resolvidas anteriormente, mas retornaram durante as inspeções. De 2014 até 2025, a companhia recebeu multas, com o valor mais alto registrado em 2021, de R$ 230,7 mil, pela utilização de uma aeronave com equipamentos inoperantes.
Comparando com outras grandes companhias aéreas, as multas impostas à Voepass têm uma taxa de quitação muito inferior, sendo 82,31% para as demais empresas. Durante a fiscalização pós-acidente aéreo ocorrido em 2023, que resultou em diversas mortes, a Anac intensificou as vistorias e seguiu aplicando penalidades pela falta de correção de problemas já identificados. A situação gerou um aumento no número de multas, que somaram R$ 139 mil durante os sete meses entre o acidente e a suspensão da operação da empresa, sendo todas elas não quitadas.
