A Agência Nacional de Aviação Civil (Anac) aplicou desde 2014 um total de R$ 4,4 milhões em multas contra a Voepass, mas a companhia aérea pagou apenas R$ 123 mil, o que corresponde a apenas 2,79% do valor total. As sanções são resultado de falhas identificadas nas operações da empresa, que envolvem desde questões de segurança até a falta de requisitos operacionais estabelecidos pela agência reguladora. Ao longo dos anos, a Voepass foi multada 255 vezes, e em grande parte dos casos, não cabem mais recursos legais.
Entre os problemas mais recorrentes estão a ausência de manuais e sistemas para orientar o pessoal de voo e de solo, o não cumprimento de normas técnicas, e falhas em procedimentos de manutenção das aeronaves. Em 2022, a Anac impôs uma multa significativa de R$ 3,3 milhões à empresa, que não foi paga. A última multa aplicada, em 2025, foi no valor de R$ 18 mil, e a empresa também não quitou esse valor. Em comparação com outras grandes companhias aéreas do Brasil, a Voepass se destaca por não resolver as irregularidades apontadas pela Anac.
Além das multas financeiras, a Voepass enfrentou a suspensão de suas operações por questões de segurança em 2025. A agência alegou que, mesmo após o acidente fatal ocorrido em 2022, a empresa não adotou as medidas corretivas necessárias para garantir a segurança de seus voos. As falhas identificadas pela Anac incluem o uso de aeronaves sem a devida certificação de reparos, a falta de controles para impedir o embarque de itens proibidos, e a ausência de manuais e procedimentos essenciais para a operação das aeronaves. Essas irregularidades reforçam a necessidade de uma supervisão mais rigorosa nas operações da companhia aérea.