O Flamengo anunciou Juninho como o primeiro reforço para a temporada 2025. O atacante, que estava no Qarabag, do Azerbaijão, assinou contrato até dezembro de 2028, com um investimento de cerca de 5 milhões de euros (R$ 31 milhões). Em entrevista à Fla TV, Juninho expressou sua felicidade com a transferência e agradeceu às mensagens de apoio da torcida, destacando seu desejo de representar o clube da melhor forma possível.
Juninho chega com a responsabilidade de substituir Gabigol, que foi para o Cruzeiro, e ocupar um espaço no ataque, principalmente devido à lesão de Pedro, com retorno previsto para maio. O jogador, que usará a camisa 23, já foi integrado ao elenco alternativo do Flamengo, enquanto o time principal está em pré-temporada nos Estados Unidos. A diretoria trabalha para regularizar sua situação na Ferj e na CBF, garantindo sua disponibilidade para o Campeonato Carioca e a Supercopa do Brasil, marcada para o dia 2 de fevereiro contra o Botafogo.
No último ano, Juninho foi artilheiro e melhor jogador do campeonato nacional do Azerbaijão, além de conquistar o título da competição com o Qarabag. A sua apresentação oficial deve acontecer na próxima semana, após o retorno do diretor de futebol José Boto ao Brasil. A expectativa é de que o jogador tenha uma rápida adaptação e possa contribuir significativamente para o Flamengo nas competições que se aproximam.