Durante os períodos de chuva mais intensa, como no verão, a qualidade da água nas regiões afetadas piora significativamente, favorecendo o aumento de bactérias e outros microrganismos. O transbordamento de rios e a água que escorre de encostas durante as enchentes representam um grande risco à saúde pública, com doenças graves como leptospirose, cólera e outras infecções transmitidas por água contaminada. Em algumas áreas, como em comunidades da Zona Sul de São Paulo, moradores buscam medidas improvisadas para conter a água das enchentes, mas enfrentam sérios problemas com lixo, ratos e outras pragas.
Pesquisadores da Universidade de São Caetano do Sul realizam estudos sobre a contaminação das águas e identificaram a presença de protozoários, vermes e fungos nos rios da região, o que representa uma ameaça para a saúde das pessoas. A descoberta de ovos de schistosoma e da bactéria causadora do cólera nos rios durante as enchentes tem gerado preocupações adicionais. A presença de bactérias chega a quadruplicar durante esses períodos, intensificando o risco de infecções.
A prevenção contra doenças transmitidas pela água de enchentes inclui o uso de vacinas, como as contra hepatite A e tétano, além de medidas de higiene rigorosas, como o uso de água sanitária e botas de borracha ao realizar a limpeza em áreas afetadas. A vigilância para o surgimento de sintomas de doenças, como febre e problemas gastrointestinais, deve ser feita por até um mês após o contato com águas contaminadas. A prefeitura de São Paulo realiza periodicamente a limpeza dos córregos da cidade, retirando toneladas de entulho para mitigar os impactos das chuvas.
