A decisão da CBF de retirar a vaga direta para o campeão da Copa Verde na terceira fase da Copa do Brasil levou os clubes Atlético-GO e Cuiabá a desistirem de disputar a competição em 2025. Ambos foram rebaixados para a Série B do Campeonato Brasileiro e, com o foco em retornar à elite, optaram por não participar do torneio. Como resultado, Luverdense e São Raimundo-RR herdarão as vagas deixadas pelas equipes.
Com as desistências de Atlético-GO e Cuiabá, a tabela da Copa Verde precisou ser ajustada. O Luverdense enfrentará o Operário-MS na primeira fase, enquanto o São Raimundo-RR jogará contra o União-TO. As equipes vencedoras desses confrontos seguirão para a segunda fase, onde enfrentarão times previamente classificados conforme o ranking da CBF, com a Copa Verde sendo disputada em jogos de ida e volta a partir das quartas de final.
A competição, que terá 16 equipes participando, é dividida em cinco fases, começando com confrontos em partida única. A Copa Verde 2025 começará no dia 22 de janeiro, com datas definidas para todas as etapas, incluindo semifinais e finais. Além de Luverdense e São Raimundo-RR, outros times classificados para a disputa incluem Águia de Marabá, Manaus, Remo, Paysandu, Goiás e Vitória-ES, entre outros.
