Dados do Censo 2022, divulgados pelo Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE), mostram uma redução de 11,12% na população que reside em favelas em São José dos Campos em comparação ao censo anterior, de 2010. O número de moradores em favelas caiu de 7.310 para 6.497 nos últimos 12 anos, ao passo que o total de comunidades desse tipo aumentou significativamente, de três para doze, representando um crescimento de 300%. Esse aumento no número de favelas pode ser atribuído, em parte, ao aprimoramento na coleta de dados pelo IBGE, especialmente em áreas menores.
A extinção da favela Pinheirinho, após uma reintegração de posse em 2012, e a diminuição de moradores nas outras comunidades já existentes, como Banhado e Vila Rhodia, contribuíram para a queda da população residente em favelas na cidade. Em 2010, Pinheirinho abrigava 5.534 moradores, mas a área foi desocupada e deixou de existir no Censo de 2022. O Banhado e a Vila Rhodia, por sua vez, tiveram quedas de 54,9% e 16,7% em seus números de habitantes, respectivamente.
Atualmente, as maiores favelas em São José dos Campos são Rio Comprido, com 1.775 moradores, e Sítio Bom Jesus, com 1.355 habitantes, sendo as únicas a superar mil moradores. As demais comunidades apresentam populações menores, como Santa Cruz I, com 605 moradores, e outras que variam entre 127 e 587 habitantes. O aumento de novas favelas no município reflete a expansão das áreas urbanas, mas também aponta para a melhoria nas metodologias de mapeamento e identificação de áreas habitacionais pelo IBGE.