Lideranças do movimento indígena expressaram descontentamento com a iniciativa do Ministério dos Povos Indígenas de indicar nomes para uma câmara de conciliação que discutirá a tese do marco temporal no Supremo Tribunal Federal (STF). A Articulação dos Povos Indígenas do Brasil (Apib), uma das principais entidades representativas, retirou-se da comissão em agosto e manifestou preocupação de que essa decisão leve à desconstitucionalização de direitos fundamentais dos povos indígenas. Embora o ministério tenha afirmado que as indicações não substituem a representação da Apib, a entidade destaca que os nomes escolhidos pertencem a órgãos governamentais e, portanto, não representam os interesses do movimento indígena.
O Conselho Indígena de Roraima (CIR) também se opôs à decisão do ministério, criticando a indicação como uma violação ao princípio da boa-fé e aos direitos de consulta e consentimento prévio reconhecidos internacionalmente. O CIR ressaltou a urgência de suspender a Lei nº 14.701/2023, que considera uma ameaça grave aos territórios indígenas. As lideranças afirmam que a criação do ministério, embora tenha sido uma demanda coletiva, não possui legitimidade para representar os povos indígenas na estrutura do Estado brasileiro, e somente suas próprias instâncias de representação têm o direito de decidir sobre seus futuros.
Emerson Pataxó, vice-presidente da Associação de Jovens Indígenas Pataxó, criticou a decisão do ministério, considerando-a um atentado à autonomia do movimento indígena. Ele destacou que essa ação desrespeita a Apib e reforça a posição do governo em alinhar-se com interesses que não refletem a voz indígena. A situação gera um debate acalorado sobre a representação indígena e a importância de respeitar as decisões e direitos das comunidades em questões que afetam diretamente suas vidas e territórios.